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本殿係清末民初,一位唐山客隨身懷帶玄天上帝神尊至台灣覓居,適巧與本村林頭先生偶遇,相談甚歡並隨至林家做客,林頭先生將唐山客待為上賓,並將神尊供奉於大廳神龕,晨昏奉香,有神尊庇佑,從此林家五穀豐登,六畜興旺,全家和樂且健康。數月後唐山客留下玄天上帝神尊,人竟不知所終。
於是林家繼續供奉玄天上帝神尊於神龕,俟清末中日甲午戰爭清廷戰敗,將台灣割讓日本,日本政府欲消滅民間信仰將台灣所有神像燒毀,因之林家將玄天上帝神尊秘藏於妥善之處。直至二次大戰日本戰敗,台灣重回祖國懷抱,玄天上帝神尊始得重見天日,林家重新將神尊供奉於大廳神龕,二甲村民得知此事,有感於玄天上帝神尊神威顯赫。
經當時村長朱鬧先生商得林家同意,由村民出資舞建公厝奉祀,民國80年更名「玄武堂」,成立管理委員會並經委員會議決更名為「玄武殿」,後信眾感於原殿址跼促,經地方人士奔走,全村信眾及旅外事業有成同鄉捐輸,民國 83年價購原村活動中心士地興建新殿宇,並於84年竣工安座啟用。