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民國卅八年，瑤池金母下凡花蓮即今花蓮慈惠總堂。降鸞闡教曉諭世人，造德修身、尊言向善奉道而行、守戒以修勤積善德已化劫難而登瑤池仙境。
民國六十二年，靈芝慈惠堂堂主黃奕風之夫人久病不癒徬徨無策之際，經介紹至三重玄峯慈惠堂叩拜金母祈求庇祐而得康強。為感金母宏恩塑金尊於自宅中叩拜，復蒙金母懿旨諭亦開堂渡眾賜號「靈芝慈惠堂」。同年四月十五日安座廣渡有緣之人，因顯化靈驗聖蹟不斷，各地聞風慕名而來之士不絕，信眾日增，堂地不敷所用。
民國六十六年重建擴大堂貌繼宏道業與堂務。歷十九春秋，不違開堂之初心與母訓。民國八十四年，金母聖示籌劃新建廟堂事宜，堂主玄鐘、副堂主黃則榮玄澄、主任委員王奕宗玄明，多次會商毫無頭緒憂心難眠。同年四月，堂前道路拓寬工程致使廟堂與道路下陷，決定拆除重建。三位長者四處奔走參訪商議籌處經費，同時全體堂生及信眾出錢出力，共同戮力推展下，始有巍峨宏偉之堂貌。
民國八十五年擇吉安座，觀廟堂一磚一瓦一石一木，雕樑畫棟隱然，皆有諸君的心血。任重道遠的精神，良為可欽可佩。立楷模於後生，引以為典範繼往發揚至恆久。
