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位於花蓮玉里的媽祖宮,主祀天上聖母,乃從彰化南瑤宮分火而來,是花蓮南部區域最大的媽祖廟。
1959年八七水災之後,台灣中南部受創嚴重,部分災民遷移至花蓮玉里居住,其中有災民手持彰化南瑤宮的媽祖令旗一路相伴,便在玉里當地誠心供奉,後續約莫六十餘人集組神明會「媽祖會」,有信士出資來雕塑媽祖金身,信眾乃重返彰化南瑤宮,恭請南瑤宮媽祖降駕分靈,此為「玉里媽祖」金身之由來。
玉里媽祖聖像最初並無建廟供奉,而是採行「爐主制度」,輪流安奉於不同信眾住處之中。1997年媽祖金身遷祀至玉里鎮啟模里,置「順天宮」供奉;但因地處偏遠,信眾朝拜不便,又再度遷祀回各家爐主住處輪替。
2008年適逢花蓮港天宮媽祖出巡賑災行經瑞穗鄉舞鶴村時,玉里媽忽有感應,隨即出鑾協助港天媽共同賑災救濟,並降旨曰:「金身既出,宜擇靈地,彰益聖法,護佑眾生。」地方信眾聞訊,當即籌組「玉里鎮媽祖宮籌建委員會」。
2009年委員會免費出借約2000坪位於大禹里的土地予媽祖宮蓋廟。玉里媽祖宮於2009年十一月動工,2010年二月農曆春節前竣工,適逢媽祖聖誕,正式恭請媽祖金身入火安座。